Bayankhongor có nhiều số lượng động vật hoang dã thuộc nhiều loài khác nhau, tuy nhiên hiện nay nhiều loài trong số chúng đang gặp nguy hiểm. Mặc dù các khu vực hoang dã trong tỉnh được bảo vệ, số lượng các loài động vật như báo tuyết, chuột nhảy tai dài, lừa hoang Mông Cổ và lạc đà hai bướu đang suy giám nhanh chóng. Số lượng gấu Gobi, một loài gấu nâu hiện được ước tính chỉ còn dưới 50 cá thể. Trên một phương diện khác, các cư dân của Bayankhongor được tuyên truyền rằng tỉnh mình có số lượng marmot (rái cá cạn) nhiều nhất trong cả nước. Các hồ nước mặt tại khu vực trung tâm có bề mặt lóm, đặc biệt là các khu vực như Boon Tsaagan Nuur và Orog Nuur có những loài chim đang gặp nguy hiểm như bồ nông cánh cong (Dalmatian Pelican) và cò di (Relict Gull). Tất cả các hồ này đều được bảo vệ thông qua một quy ước tên là "Hiệp định Thế giới Ramsar về đa dạng động vật hoang dã". Các loài động vật được thuần hóa tại in Bayakhongor là lạc đà hai bướu, cừu, dê, bò Tây Tạng, bò, và con lai giữa bò Tây Tạng và bò được gọi là khainag.